Pourquoi le sucre pris sous antibiotiques peut aggraver l’appauvrissement du microbiote intestinal

Cent grammes de sucreries par jour, consommés pendant un antibiotique à large spectre, vont de pair avec un microbiote intestinal près d’un quart moins diversifié chez des greffés de moelle. Sans antibiotique, la même quantité n’est associée à aucune différence. Le résultat vient d’une cohorte de 173 adultes hospitalisés au Memorial Sloan Kettering Cancer Center (MSK) de New York, dont 9 419 repas ont été suivis. La revue Nature l’a publié en ligne le 30 septembre 2026, avec une série d’expériences chez la souris, après près de dix-huit mois d’examen.

La réponse courte tient en deux points. Ce n’est pas le sucre seul qui pèse, mais sa rencontre avec un intestin que l’antibiotique vient de vider, où une bactérie opportuniste, l’entérocoque, prend la place. Et la situation étudiée est celle de greffés privés de défenses immunitaires, traités par perfusion à l’hôpital. Pas celle d’une angine soignée par amoxicilline.

Un microbiote qui s’appauvrit pendant la greffe de moelle

L’allogreffe de cellules souches hématopoïétiques, ou greffe de moelle, remplace la moelle d’une personne atteinte d’un cancer du sang par celle d’un donneur. Après une chimiothérapie intensive, le conditionnement, le patient passe plusieurs semaines presque sans défenses : dans la cohorte, la nouvelle moelle produisait des globules blancs au bout de 12 jours en médiane (8 à 37 jours). C’est dans cette fenêtre que l’intestin se dégrade.

La dégradation se mesure dans les selles. La diversité du microbiote, l’ensemble des bactéries de l’intestin, compte le nombre d’espèces et l’équilibre entre elles (indice dit de Simpson inverse). Un intestin sain abrite une communauté variée. Après greffe, une seule bactérie occupe souvent une large part de la place : une étude de 2012 parue dans Clinical Infectious Diseases parlait de « domination » dès qu’un groupe bactérien atteint 30 % du microbiote. C’est la forme extrême de la dysbiose, le déséquilibre de la flore.

Cette perte compte pour la survie. Chez 1 362 greffés de quatre centres (New York, Allemagne, Japon, Caroline du Nord), une équipe comprenant Jonathan Peled, coauteur du travail de 2026, avait associé en 2020 dans le New England Journal of Medicine une diversité plus élevée à moins de décès : un risque réduit d’environ 29 % dans une cohorte (rapport de risque de 0,71), de moitié dans l’autre (0,49). C’était une association.

Parmi les bactéries qui profitent du vide, l’entérocoque tient une place à part. Dans la cohorte de 2026, c’est Enterococcus faecium qui s’étend le plus quand le microbiote est perturbé. Ce genre bactérien cause des infections du sang résistantes aux antibiotiques ; après allogreffe, il est associé à la mortalité et à la maladie du greffon contre l’hôte, une attaque de l’organisme du receveur par les cellules immunitaires du donneur. Chez 94 greffés, l’étude de 2012 associait une domination par l’entérocoque à un risque multiplié par neuf de bactériémie, le passage dans le sang, par un entérocoque résistant à la vancomycine.

Pour relier ce déséquilibre à l’assiette, les chercheurs ont exploité une routine hospitalière : une fiche par plateau-repas, où le patient cochait la part mangée de chaque plat (rien, un quart, la moitié, trois quarts ou tout), relevée trois fois par semaine par une diététicienne. Au total, 622 aliments distincts, et 1 009 échantillons de selles chez 158 patients, cinq par personne en médiane. Deux trous dans ce relevé : les aliments apportés de l’extérieur sont mal enregistrés, et rien n’a été noté de l’alimentation avant l’admission.

L’antibiotique à large spectre, étape qui vide le terrain

Tous les patients de la cohorte ont reçu au moins un antibiotique. D’abord une prophylaxie, un traitement préventif associant une fluoroquinolone et de la vancomycine par perfusion. Puis, chez 138 patients sur 173, soit quatre sur cinq, des antibiotiques à large spectre en cas de fièvre ou de suspicion d’infection : pipéracilline-tazobactam, céfépime, linézolide, carbapénème, ou métronidazole ou vancomycine par la bouche contre une diarrhée à Clostridioides difficile. Seuls ces derniers comptent comme « exposition » dans l’analyse.

Un antibiotique à large spectre ne vise pas une bactérie précise. Il en élimine un grand nombre, y compris les bactéries commensales, qui vivent dans l’intestin sans nuire. Ces commensales occupent l’espace et consomment les ressources, ce qui empêche une bactérie opportuniste de s’installer : c’est la « résistance à la colonisation ». Quand le traitement l’abat, les survivantes, comme l’entérocoque, trouvent un terrain dégagé. L’étude de 2012 associait déjà le métronidazole à une domination par l’entérocoque trois fois plus fréquente. Sans antibiotique, l’étude n’observe pas la suite.

L’idée qu’un sucre alimentaire nourrisse cette prolifération n’est pas neuve non plus. En 2019, dans la revue Science, la même équipe avait montré que la croissance de l’entérocoque dépend du lactose, le sucre du lait : chez la souris, le retirer atténuait la prolifération et la maladie du greffon contre l’hôte, et les greffés génétiquement incapables d’absorber le lactose se débarrassaient moins bien de la domination entérococcique. Une expérience animale et une association génétique ne fondent aucune consigne d’éviter le lactose. Le travail de 2026 étend l’hypothèse aux sucreries et aux sucres ajoutés de l’alimentation réelle, au moment précis de l’antibiothérapie.

Du sucre dans un intestin dégagé : la chaîne étape par étape

Le modèle statistique, dit bayésien multiniveau, relie chaque échantillon de selles aux repas des deux jours précédents, en tenant compte du conditionnement, de la nutrition artificielle (perfusion ou sonde), des antibiotiques, de la semaine de greffe et du patient. Sans antibiotique à large spectre dans ces deux jours, les sucreries ne sont associées à aucune variation de la diversité. Avec antibiotique, chaque 100 g de sucreries s’accompagne d’une baisse supplémentaire.

Les corrélations brutes, avant tout ajustement, montrent le même contraste. Sous antibiotique, sur 439 prélèvements chez 109 patients, plus de sucreries va de pair avec moins de diversité (coefficient de -0,195 : un lien faible, mais net). Hors antibiotique, sur 570 prélèvements chez 128 patients, le coefficient tombe à 0,045, sans signification statistique. L’effet tient à la combinaison.

Le cœur de la chaîne est donc une interaction, au sens statistique : l’effet d’un facteur dépend de la présence de l’autre. Elle se décrit en trois temps. L’antibiotique vide une partie de l’intestin. Le sucre arrive dans ce milieu appauvri. Une bactérie opportuniste, l’entérocoque, occupe la place laissée libre. Chez l’homme, l’étude établit une association entre ces trois temps, pas une causalité : elle ne montre pas que le sucre, à lui seul, appauvrit la flore.

Le maillon du milieu reste le moins connu. Les auteurs avancent trois explications sans trancher. Le sucre pourrait nourrir directement l’entérocoque. Il pourrait affaiblir les commensales encore présentes, qui le tiennent en respect. Ou bien, comme la plupart des sucres simples sont absorbés dans l’intestin grêle, avant le côlon où vit l’essentiel du microbiote, il agirait par l’intermédiaire de l’organisme, qui modifierait à son tour l’écosystème intestinal. L’état actuel des données ne permet pas de savoir laquelle est la bonne.

Reste un doute de fond, propre à toute étude observationnelle. Les antibiotiques à large spectre sont prescrits parce qu’un patient a de la fièvre ou une infection ; or les plus malades mangent moins, ont le goût modifié et reçoivent davantage de compléments sucrés. La baisse de diversité pourrait refléter la gravité plutôt que le sucre. Les auteurs ont écarté tour à tour la nutrition artificielle, les infections documentées et la période de mucite sévère, l’inflammation des muqueuses digestives due à la chimiothérapie. Le résultat tient à chaque fois, et dans 94 % de 50 sous-échantillons tirés au hasard. Une cohorte ne peut pas pour autant écarter les facteurs qu’elle n’a pas mesurés.

L’expérience chez la souris, où seul le sucre change

Pour sortir de l’association, l’équipe est passée à l’animal, où tout se contrôle. Des souris femelles de 6 à 8 semaines ont reçu une injection unique de biapénème, un antibiotique de la famille des carbapénèmes. Toutes avaient la même nourriture et un gel hydratant, avec ou sans 5 % de saccharose, le sucre de table ; dans certaines expériences, le saccharose était dissous dans l’eau de boisson. Chaque groupe comptait 7 à 17 souris, sur deux expériences indépendantes. Ces doses ne se convertissent pas en équivalent humain.

L’antibiotique seul multiplie déjà par 100 à 1 000 les entérocoques propres à l’animal, avec un pic au troisième jour et un retour presque complet au sixième. Avec le saccharose, la poussée est plus forte et plus longue : par rapport aux souris traitées sans sucre, les entérocoques étaient 16 fois plus nombreux au troisième jour et 33 fois plus au sixième. Le saccharose sans antibiotique n’a aucun effet. Le schéma de l’hôpital se retrouve, sous contrôle.

Une précision d’espèce s’impose. Chez les patients, la bactérie qui domine est Enterococcus faecium ; chez la souris, l’espèce la plus enrichie est Enterococcus faecalis, et les facteurs de 16 et de 33 portent sur l’ensemble du genre, compté par culture. Le modèle reproduit le schéma, pas exactement la même bactérie. Il le reproduit aussi chez des souris greffées de moelle après irradiation, où le saccharose prolonge de la même façon la poussée d’entérocoques.

Une dernière expérience bouscule la piste la plus intuitive. Chez des souris axéniques, élevées sans aucun microbe puis colonisées par Enterococcus faecalis seul, le saccharose ajouté à l’eau ne change rien à la colonisation. Si le sucre se contentait de nourrir la bactérie, il la favoriserait là aussi. Ce n’est pas le cas. L’effet exige un microbiote complexe perturbé par l’antibiotique : la chaîne passe probablement par l’écosystème ou par l’organisme hôte, sans que l’étude dise lequel.

Sucres ajoutés, boissons formulées, durée : ce qui amplifie ou atténue

Tous les sucres ne pèsent pas pareil dans la cohorte. Les aliments y sont classés en neuf groupes selon une nomenclature américaine, la FNDDS, et pesés en poids sec. Le groupe « sucres, sucreries et boissons » comprend les boissons pour sportifs et les boissons nutritionnelles. Ce sont justement ces boissons formulées, « shakes » nutritionnels compris, et les sucres ajoutés qui contribuent le plus à la relation, bien plus que les sucres naturellement présents dans les aliments. Le signal ne vise pas les fruits entiers.

Deux explications concurrentes tombent. La première serait calorique : manger sucré, c’est souvent manger plus. Le résultat persiste pourtant quand l’apport calorique total est pris en compte, et quand l’alimentation est codée en sucres plutôt qu’en groupes d’aliments. La seconde passerait par un manque de fibres. Or, chez la souris, le saccharose ne réduit pas de façon notable la nourriture consommée ni le poids, et il prolonge la poussée d’entérocoques même sous régime sans fibres. Le rôle des fibres, et ce que les fibres font au mucus du côlon et au microbiote, relève d’un autre mécanisme.

La forme du sucre change le profil de la poussée chez l’animal. Le glucose et le fructose, les deux composants du saccharose, donnés séparément, l’amplifient aussi, mais brièvement : l’effet, net au troisième jour, ne l’est plus au sixième. Un smoothie de fruits du commerce agit plus tardivement, sans différence significative au troisième jour mais nette au sixième. Ce smoothie est un produit industriel mixé ; il ne dit rien d’une pomme croquée. Ces deux séries reposent sur de petits effectifs, de 7 à 19 souris par groupe.

Ce qui borne tout le reste, c’est la durée. Chez la souris, la poussée d’entérocoques est transitoire : sans sucre, elle retombe vers le sixième jour ; avec sucre, elle se prolonge, mais l’écart disparaît vers le neuvième jour et ne réapparaît ni au quatorzième ni au vingt et unième, sur un suivi de 7 souris. On parle de jours. Aucune atteinte durable n’est démontrée.

24 %, 100 g, HR 1,12 : remettre les chiffres à leur échelle

Le chiffre principal est une baisse moyenne de 24,1 % de la diversité pour 100 g de sucreries par jour, sous antibiotique à large spectre, par rapport aux prélèvements sans antibiotique. Sa marge d’incertitude est large : l’intervalle de crédibilité à 95 %, la fourchette où la vraie valeur a 95 chances sur 100 de se trouver, va de 7,7 % à 38,1 %. Un second chiffre, 20,6 % (de 2 % à 35,6 %), vient du même article : l’alimentation y est codée en sucres, le nutriment, plutôt qu’en sucreries, le groupe d’aliments. Deux codages, deux chiffres.

Les 100 g demandent une lecture attentive. Il s’agit de poids sec, une fois l’eau retirée, de la catégorie sucreries, en moyenne par jour sur les deux jours qui précèdent le prélèvement de selles. Ces deux jours tombent pendant l’exposition à l’antibiotique, pas avant le début du traitement. Pour situer la quantité, l’Organisation mondiale de la santé (OMS) recommande depuis 2015 de garder les sucres libres sous 10 % de l’apport énergétique : pour 2 000 kcal par jour, 200 kcal, soit environ 50 g de sucre à 4 kcal le gramme. Son objectif idéal, sous 5 %, tombe à environ 25 g, six cuillères à café. Les deux mesures ne se recouvrent pas exactement, mais l’ordre de grandeur est clair. Cent grammes, c’est beaucoup.

Le chiffre de mortalité est le plus facile à mal lire. Les auteurs ont coupé la cohorte en deux à la médiane d’apport en sucre rapporté aux calories, 86 patients de chaque côté. Au-dessus de la médiane, chaque jour supplémentaire d’antibiotique à large spectre est associé à un rapport de risque (HR, pour hazard ratio) de décès de 1,12, entre 1,01 et 1,23 : 12 % de risque relatif en plus par jour de traitement. Sous la médiane, ce rapport est de 1,07, sans différence significative. Le calcul se fait donc jour d’antibiotique par jour d’antibiotique, à l’intérieur d’un groupe. Dans l’autre sens, il ne dit pas que les gros consommateurs de sucre meurent 12 % plus souvent : sans tenir compte des antibiotiques, les deux groupes ont une mortalité comparable.

Ce groupe « sucré » a une autre particularité. Apport en sucre et calories totales sont fortement liés (corrélation de 0,77), mais la part du sucre dans les calories varie à l’inverse du total (-0,62) : les alimentations les plus sucrées en proportion sont les plus maigres. Dans une analyse par profils alimentaires, le groupe le plus sucré, 114 patients, mangeait 914 kcal de moins par jour, près de la moitié d’une ration de 2 000 kcal, pour une part de sucre supérieure de 10,5 % selon l’article. Son rapport de risque par jour d’antibiotique était de 1,11, contre 1,06 chez les 58 patients de l’autre groupe. Les auteurs écrivent que la surmortalité associée pourrait venir en partie de ce plus faible apport alimentaire. La dénutrition est une explication concurrente.

La conclusion de l’article retient une formulation pesée : « Plus largement, limiter l’apport en sucre pendant une antibiothérapie pourrait aider à atténuer les lésions du microbiote. » Le verbe est au conditionnel. C’est une hypothèse à tester, pas une recommandation.

Greffés hospitalisés, pas antibiotique de ville : le champ du résultat

Le résultat a été obtenu chez des adultes greffés de moelle, hospitalisés plusieurs semaines, immunodéprimés, sous antibiotiques à large spectre par perfusion, après une chimiothérapie qui abîme la muqueuse digestive. En France, l’Agence de la biomédecine a dénombré 2 170 allogreffes de ce type en 2023, pour 2 155 patients, dont 1 231 avec un donneur non apparenté. Si vous n’êtes pas dans cette situation, ni proche de quelqu’un qui l’est, l’étude ne parle pas directement de vous.

Parmi les 1 009 échantillons, 629 viennent de patients au conditionnement myéloablatif, le plus intense, 288 d’un conditionnement d’intensité réduite et 92 d’un conditionnement non myéloablatif. L’interaction a été observée dans les deux premiers groupes, qui fournissent 917 échantillons. Et même à l’hôpital, elle porte sur le passage au large spectre : comme presque tous les patients recevaient déjà une prophylaxie par fluoroquinolone, l’étude ne dit rien d’un antibiotique quelconque.

Les antibiotiques en cause ne sont pas ceux d’une ordonnance de ville. Pipéracilline-tazobactam, céfépime, carbapénème : ce sont des molécules hospitalières, données par perfusion. Les traitements courts, les antibiotiques pour une cystite ou une angine, n’ont pas été étudiés. Le MSK précise que les résultats valent spécifiquement pour des greffés recevant de multiples traitements, et l’un des auteurs a rappelé après la publication qu’il ne s’agit pas d’un essai randomisé comparant des régimes protecteurs.

Pour savoir si le résultat vaut chez une personne en bonne santé qui prend un antibiotique pour une infection courante, le MSK annonce de futures études. NYU Langone Health évoque de son côté des essais cliniques chez des patients, pour tester si des changements alimentaires de courte durée améliorent leur évolution clinique. Aucun calendrier n’a été rendu public, et aucune inscription dans un registre d’essais cliniques n’a pu être retrouvée. La date à laquelle une consigne pourrait changer pour vous n’est donc pas fixée. Il faudrait pour cela un essai randomisé, qui attribue au hasard une alimentation plus ou moins sucrée à des patients sous antibiotique et compare leur évolution.

À l’hôpital comme à la maison, la décision reste à l’équipe soignante

La conséquence pratique se heurte à un paradoxe. Les compléments nutritionnels oraux enrichis en sucre sont couramment recommandés aux greffés, justement quand ils mangent peu, pour éviter la dénutrition ; les auteurs le relèvent eux-mêmes. Or ce sont des boissons formulées de ce type qui contribuent le plus à l’association observée pendant l’antibiothérapie. Deux risques se font face. D’un côté, une flore plus appauvrie pendant l’antibiothérapie, dans une association non démontrée comme causale chez l’homme. De l’autre, une dénutrition dont le groupe le plus sucré est déjà le plus proche, puisqu’il mange le moins.

Aucun essai n’a encore montré qu’en réduire le sucre améliore la survie ou évite une infection. Les auteurs l’écrivent sans détour : « Dans le contexte de la greffe, des essais prospectifs sont nécessaires pour vérifier si une modulation alimentaire correspondante améliore l’évolution clinique. » Un essai prospectif suit des patients à partir d’un changement décidé à l’avance, au lieu de relire après coup des données déjà recueillies. Tant qu’il n’existe pas, le bénéfice reste une hypothèse.

Rien, dans ce travail, ne fait d’un régime « sans sucre » ou d’un complément une protection du microbiote : aucun régime, aucun probiotique n’y a été testé. Les liens entre alimentation et flore intestinale hors antibiotiques relèvent d’autres travaux, comme ceux qui portent sur le régime méditerranéen et le microbiome intestinal. Cette étude ne fournit pas de consigne.

L’essentiel à retenir

• Chez 173 greffés de moelle, les sucreries consommées sous antibiotique à large spectre vont de pair avec un microbiote moins diversifié et dominé par l’entérocoque ; sans antibiotique, aucune association n’apparaît.
• Chez la souris, le saccharose ajouté amplifie et prolonge de quelques jours la poussée d’entérocoques déclenchée par l’antibiotique ; seul, il n’a pas d’effet.
• Le mécanisme n’est pas tranché : sans autres microbes, le sucre ne favorise pas l’entérocoque.
• Le rapport de risque de 1,12 porte sur chaque jour d’antibiotique dans le groupe le plus sucré, qui mange aussi le moins ; sans les antibiotiques, la mortalité des deux groupes est comparable.
• Les antibiotiques de ville et les personnes en bonne santé n’ont pas été étudiés.
• Un complément prescrit ne s’arrête pas sans l’équipe soignante.

Questions fréquentes

Faut-il éviter le sucre quand on prend de l’amoxicilline ?

Si vous prenez de l’amoxicilline, l’étude ne permet pas de répondre. Elle a porté sur des greffés de moelle sous antibiotiques à large spectre par perfusion, pas sur un traitement court pour une angine ou une cystite. Le MSK annonce de futures études chez des personnes en bonne santé, sans calendrier public à ce jour.

Les fruits sont-ils concernés ?

Le signal porte surtout sur les sucres ajoutés et les boissons formulées, comme les boissons pour sportifs ou les « shakes » nutritionnels, plus que sur les sucres naturellement présents dans les aliments. Le smoothie testé chez la souris était un produit du commerce. Rien dans l’étude ne vise les fruits entiers.

Faut-il arrêter les compléments nutritionnels pendant une greffe ?

Aucun complément prescrit ne s’arrête sans l’avis de l’équipe de greffe. Les patients dont l’alimentation est la plus sucrée sont aussi ceux qui mangent le moins, et la dénutrition est un risque à part entière. L’arbitrage revient à l’équipe soignante et à la diététicienne.

Combien de temps dure l’effet sur le microbiote ?

Chez les patients, l’association porte sur les deux jours qui précèdent chaque prélèvement de selles. Chez la souris, la poussée d’entérocoques dure quelques jours : le sucre la prolonge, mais l’écart disparaît vers le neuvième jour. Aucune atteinte durable n’a été démontrée.

Les probiotiques protègent-ils le microbiote sous antibiotiques ?

Cette étude n’en dit rien : aucun probiotique ni aucun régime n’y a été testé. Elle ne permet pas de présenter un complément comme une protection du microbiote.

Le sucre augmente-t-il la mortalité des greffés ?

L’étude ne le montre pas. Le rapport de risque de 1,12 s’applique à chaque jour supplémentaire d’antibiotique à large spectre, dans le groupe le plus sucré ; sans tenir compte des antibiotiques, les deux groupes ont une mortalité comparable. Ce groupe mange aussi beaucoup moins, ce qui peut expliquer une partie de l’écart.